Abel Ferreira assumiu o papel de treinador da equipa de juniores no decorrer da época 2011–12 e venceu o Campeonato Nacional de Juniores. Fez mais uma época ao comando dos juniores até ser promovido a treinador da equipa B em 2013–14, trabalhando em consonância com Leonardo Jardim, o então treinador da equipa principal. Abel Ferreira saiu do Sporting no verão de 2014.
Em fevereiro de 2015, Abel Ferreira foi convidado para assumir o papel de treinador da equipa B do Braga, cargo que manteve até abril de 2017, altura em que Abel Ferreira foi promovido a treinador da equipa principal substituindo Jorge Simão. A época 2017–18 definiu um marco histórico para o Braga: atingiu o recorde de pontos alcançados (75 pontos), o recorde de golos marcados (101 golos) e o recorde de vitórias numa época (33 vitórias). Abel Ferreira tornou-se no treinador do Braga com a maior percentagem de vitórias no clube (64%).
Em julho de 2019, depois de completar duas épocas e meia como treinador principal do Braga, Abel Ferreira foi anunciado como treinador principal do PAOK, o campeão nacional grego em título. O clube grego pagou a cláusula de 2,5 milhões de euros para poder levar o treinador português, tornando-se na quinta venda mais alta de um treinador português de sempre.[
Em outubro de 2020, após a demissão do técnico Vanderlei Luxemburgo, o Palmeiras estava em busca de um treinador de estilo de jogo moderno e ofensivo. Após mais de duas semanas sem um acerto, a diretoria alviverde iniciou uma negociação com Abel Ferreira, que aceitou a proposta e deixou o PAOK. O Palmeiras pagou a multa rescisória de €600 mil para poder levar o treinador português, tornando-se no primeiro treinador português a ser comprado por duas vezes na sua carreira. No dia 30 de outubro, ele foi anunciado oficialmente como treinador do clube brasileiro. Sua estreia foi dias depois, ao vencer o Bragantino pela partida de volta das oitavas-de-final da Copa do Brasil por 1 a 0.
Está é a nona final do Português no comando do alviverde, que disputou aproximadamente uma decisão a cada dois meses. Em apenas 17 meses de trabalho, Abel já conquistou quatro taças para a sala de troféus do Palmeiras, duas Libertadores (2020 e 2021), uma Copa do Brasil(2020) e uma Recopa Sul-americana (2021).
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